故事发生在银成学园中，在这里，出没着许多被邪恶炼金术士所创造出来的人造生命体，他们会攻击人类，靠吃人来吸收能量，维持生存。武藤和树（福山润 配音）本是一位平凡的高中生，某日，他发现一位少女正在遭受怪物的袭击，和树出手相救，却死在了怪物的攻击之下。 被袭击的少女名叫津村斗贵子（柚木凉香 配音），其真实

车谷空的体格矮小，在篮球方面绝对算不上有利。中学时代因为身高而没被选上首发队员的空，怀着对高中篮球部的期待，升入了通称九头高的九头龙高中。但那里的篮球部几乎处于机能停止状态。并不是能够打篮球的环境。但空凭着对篮球的热情，与九头高篮球部成员们在相互冲突当中共同成长。在接连面临的种种困难面前，九头高篮球

为了赢得真正的胜利，调查军团决定执行夺回玛利亚之墙的作战。作战内容是利用艾伦的硬质化能力将位于玛利亚之墙希干希纳区城墙上的破洞封住。而且还要查明沉睡在艾伦老家地下室的「真相」。但是，「野兽巨人」等巨人就在那里等着他们！